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Microbiota batterico e virale del tratto respiratorio e caratteristiche dell'ospite nei bambini con infezioni del tratto respiratorio inferiore


Le infezioni del tratto respiratorio inferiore ( LRTI ) sono una delle principali cause di morbilità e mortalità infantili.
Organismi potenzialmente patogeni sono presenti nel tratto respiratorio nei bambini sintomatici e asintomatici, ma la loro presenza non indica necessariamente una malattia.
È stata valutata la concordanza tra microbiota del tratto respiratorio superiore e inferiore durante le infezioni LRTI e l'uso del microbiota rinofaringeo per discriminare le infezioni LRTI dallo stato di salute.

In primo luogo, è stato condotto uno studio prospettico su bambini di età compresa tra 4 settimane e 5 anni che sono stati ricoverati nell'Unità di terapia intensiva pediatrica ( PICU ) presso il Wilhelmina Children's Hospital ( Utrecht, Paesi Bassi ) per una infezione respiratoria LRTI definita dall'OMS che richiedeva ventilazione meccanica.

Sono stati ottenuti tamponi nasofaringei accoppiati e aspirati endotracheali profondi da questi partecipanti ( coorte PICU ) tra il 2013 e il 2016.
È stato anche condotto uno studio caso-controllo abbinato con gli stessi criteri di inclusione nei bambini con infezione LRTI in tre ospedali olandesi e in bambini sani abbinati per età, sesso e momento temporale reclutati dalla comunità.

Campioni rinofaringei sono stati ottenuti al ricovero per i casi e durante le visite a domicilio per i controlli.
I dati per le caratteristiche del bambino sono stati ottenuti da questionari e da cartelle cliniche.
È stata usata la PCR quantitativa e il sequenziamento basato su 16S rRNA per stabilire rispettivamente i profili di microbiota virale e batterico.

Sono stati arruolati nella coorte PICU 29 pazienti. La concordanza intra-individuale in termini di profili di microbiota virale ( accordo del 96% ) e profili di microbiota batterico ( 58 taxa con una r di Pearson mediana di 0.93; P minore di 0.05 per tutti i 58 taxa ) era elevata tra i campioni di aspirato nasofaringeo ed endotracheale, supportando l'uso di campioni rinofaringei come proxy del microbiota polmonare durante infezione LRTI. 1
54 casi e 307 controlli corrispondenti sono stati reclutati prospetticamente nella coorte caso-controllo.

Individualmente, il microbiota batterico ( area sotto la curva 0.77 ), il microbiota virale ( 0.70 ) e le caratteristiche del bambino ( 0.80 ) hanno distinto in modo scarso la salute dalla malattia.
Tuttavia, un modello di classificazione basato sul microbiota combinato batterico e virale più le caratteristiche del bambino ha distinto i bambini con infezione respiratoria LRTI dai controlli abbinati con un alto grado di precisione ( area sotto la curva 0.92 ).

I dati hanno indicato che il microbiota rinofaringeo può servire da proxy valido per il microbiota del tratto respiratorio inferiore dell'infanzia, che le infezioni LRTI cliniche nei bambini derivano dall'interazione tra microbiota e caratteristiche dell'ospite, piuttosto che da un singolo microrganismo, e che la diagnostica basata sul microbiota potrebbe migliorare i protocolli diagnostici e terapeutici futuri. ( Xagena2019 )

Man WH et al, Lancet Respiratory Medicine 2019; 7: 417-426

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